Ein Benzer Pastor (sacerdos) wird im Jahre 1229 in einer Urkunde als Zeuge genannt. Folglich gab es da bereits das Dorf Benz mit einer Kirche. 1251 wird der Name dieser Kirche mit St.Peter angegeben. In diesem Jahr verlieh der pommersche Herzog Barnim I. das Patronatsrecht der St.Petrikirche zu Benz dem Kloster Grobe bei Usedom. Das Kloster Grobe zog später nach Pudagla um. So ist anzunehmen, dass die Benzer Kirchengründung durch die Missionstätigkeit des Klosters Grobe erfolgt ist. Der Name St. Peter könnte darauf hinweisen, dass die Kirche mit dem Namen des ältesten Apostels eine sehr frühe – wenn nicht die älteste - Kirchgründung auf der Insel Usedom ist. Sie wurde anstelle eines slawischen Heiligtums errichtet.

Große Teile des heutigen Kirchengebäudes gehen auf die Zeit vor 1300 zurück. Das im Grundriss rechteckige Kirchenschiff zeigt durchgängig noch die alte Granitquader-bauweise mit den sauber behauenen Kantensteinen. Das zugemauerte Nord-portal hat noch spätromanische, das Südportal frühgotische Form. Aus der gleichen Zeit stammt der untere Teil des Taufsteines aus Kalkstein. Die Fünte war mit einem von Molchen gebildeten Fries und Rosetten verziert. Bruchstücke davon waren noch um 1930 vorhanden. Vom spätmittelalterlichen Altarschrein sind fünf (die sechste wurde gestohlen) aus Lindenholz geschnitzte Figuren erhalten. Sie stellen Heilige dar: Petrus, Elisabeth von Thüringen, (Johannes den Evangelisten), Johannes den Täufer und Katharina. Bis Ende des vergangenen Jahrhunderts waren sie mehrfach weiß übertüncht. Sie werden jetzt nach und nach in ihrer ursprünglichen Bemalung restauriert. Gegen Ende des Mittelalters wurde ein Chorraum angebaut und die Kirche mit einem Turm versehen.

Nach der Säkularisierung des Klosters Pudagla 1535 ging das Patronat der Benzer Kirche auf den jeweiligen Landesherrn über, zunächst auf den pommerschen Herzog, dann auf den schwedischen und 1720 auf den preußischen König. Der jeweilige Verwalter der staatlichen Klostergüter hatte dadurch besondere Befugnisse. Die Grab-platte eines Verwalters, Jakob von Küssow, "fürstlich pommerscher Rat 12 iar Hofmarschalck und Hauptmann auf Wolgast darnach Hauptmann auf Usedom und Pudagla", gest. 1586, befindet sich an der Nordwand des Chorraumes. Ursprünglich bedeckte sie die Gruft des Verstorbenen in der Mitte des Chorraums.

Im Dreißigjährigen Krieg wurden die Bänke von kaiserlichen Soldaten herausgebrochen und die Kirche als Pferdestall benutzt. Nach den Kriegswirren fand 1663 eine große Renovierung der Kirche statt. Das schlichte Renaissanceportal des Turmes dürfte aus dieser Zeit stammen. Veranlasst und gefördert wurde der Bau durch den Gouverneur Peter Appelmann, den schwedischen Verwalter der Pudaglaer Klostergüter. Wilhelm Meinhold hat ihm in seinem Roman "Die Bernsteinhexe" ein Denkmal gesetzt, das allerdings der historischen Wirklichkeit nicht ganz gerecht wird.

Die Wetterfahne auf der Kirchturmspitze trägt die Jahreszahl 1740. In diesem Jahr erhielt der Turm seine heutige Gestalt. 1741 wurde der Chor zur "kleinen Kirche", dem heutigen Altarraum, umgebaut. 1836 fanden umfangreiche Renovierungsarbeiten statt. Die Balkendecke wurde durch ein hölzernes Tonnengewölbe ersetzt. Dadurch erhielt der Kirchenraum weitgehend sein heutiges Aussehen. 1847 wurde eine Orgel durch die Stettiner Orgelbaufirma Kaltschmidt eingebaut. 1889 fand eine Orgelreparatur durch die Firma Grüneberg (Stettin) statt. Eine der beiden 1814 durch die Gebrüder Schwenn in Stettin gegossenen Glocken hat die Kriege überlebt. Sie trägt die Inschrift: "Als Bonapartens Übermuth / entflammte jedes Volck zur Wuth / und Friedrich Wilhelms Tapferkeit / durch seiner Preussen Muth / siegreich half enden diesen Streit / für Freiheit Hab' und Gut / da kündigte mein erster Klang / des holden Friedens Lobgesang." Die zweite Glocke wurde in der Zwischenzeit ersetzt. 1875 wurde der Turm repariert. Aus dieser Zeit stammen auch die beiden Kronleuchter. 1911 musste der Turm mit Ausnahme der unteren Etage abgenommen werden. Der Wiederaufbau fand im alten Stil statt. Eine umfassende Kirchenreparatur erfolgte, auch das Innere der Kirche wurde renoviert. Die Deckenmalerei gestaltete der Maler Dittmer aus Stettin.

Umfangreiche Reparaturarbeiten (Neueindeckung des Turmes und des Daches) sowie eine vollständige Restaurierung der Deckenmalerei wurde in den letzten 5 Jahren durchgeführt.